日军已经突破台南城垣，在城内与章军直属旅展开了逐街逐巷的争夺。
然而，大东门和巽方炮台，依旧掌握在章军手里。担负着台南外围防御的第一师，被日军隔断在了台南城外，一部分据守在以大东门为核心的阵地上，一部分撤退到了魁斗山继续战斗，而散落在台南四周的第一师零星部队，也没有停止战斗，他们不断向进攻日军发起袭扰。而魁斗山上的章军炮火，依旧可以为城内提供强大的炮火支援。在台南城外，章军至少还拥有十个据点。
然而，乃木希典对这些全部视而不见，催促部队，不顾台南城外的章军部队，全力向城内发起攻击。伏见宫贞爱亲王的失踪，让他退无可退！
只有尽早占领台南，活捉周宪章，才能保住他的地位。而且，占领了台南，城外的章军也会不战而溃。
10月20日，日军在付出巨大代价后，占领了台南城内的延平郡王祠，远远可以看见赤崁楼的尖顶了。
张勋的直属旅，与日军展开了顽强的巷战，残酷的短兵相接，在每一间房屋、每一条街道展开，日军每前进一步，都要付出数十条生命代价。直属旅把所有的房屋、街道都打通了，在街巷间穿插攻击，很多时候，日军好不容易占领了一个建筑，但却被章军的迂回穿插部队反包围，最后被围歼。
张勋的部队中有不少人留着辫子。在甲午战争中，日军只要看见辫子军，心理上就处于绝对优势，因为代表着大清*队的辫子，也代表着大清国的虚弱和胆怯。但是，在台南城里的辫子军，却让日本人吃尽了苦头，这些留着辫子的士兵，有着对大清国和章军的双重忠诚，他们比别人更加凶狠，更加视死如归！他们只要由一口气在，就会和日本人同归于尽。
现在，那些辫子军成了日本人的噩梦，很多日军甚至会有意避开辫子军，他们在辫子军的死缠烂打下，感到彻骨胜寒。这就如同当年在山海关，当李自成的部队第一次见到多尔衮的辫子军一样，数十万大军瞬间土崩瓦解。
曾经横扫中原大地的八旗灵魂，似乎在这些辫子军身上复活了！
其实，导致一个民族衰弱的原因，不是辫子！辫子只是一种外在的表现。当西洋人嘲笑大清国的猪尾巴的时候，他们嘲笑的不是辫子，而是这个民族身上被奴化的思想和被禁锢的开拓精神！
一旦他们的思想被解放，精神被唤醒，那么，拖着辫子的士兵，仍然能够打出让对手胆寒的威风！
冲入了台南城的日军，陷入了一个巨大的泥潭中，尽管，赤崁楼的尖顶就在眼前，却是可望而不可及！
越来越多的日军士兵死在了这无望的攻击中。
然而，乃木希典仍然在催促大军，冲入台南城内。
10月22日，日军主力全部进城。城内章军被压缩到了不到两平方公里的狭窄地域内。日军攻占了天后宫、武庙，与赤崁楼只有一条街的距离。
乃木希典迫不及待地向大本营发出捷报——日军已经攻占了台南，章军统帅周宪章下落不明，正在搜捕，根据战场情况判断，周宪章应该是已经死在了乱军之中。
乃木希典迫不及待地向国内发去捷报，是要抢在伏见宫贞爱亲王失踪的消息之前，抢先报功。伏见宫失踪的消息，已经在军中悄悄流传，官兵们都说，伏见宫是被章军俘虏了，乃木希典害怕纸包不住火，大本营很可能会迅速撤掉他。
与此同时，南方舰队和第四混成旅团，已经从澎湖启程，向章军的最后一个据点——西港进发。情报显示，西港守军不到五百人，还都是刘永福的台湾民主*残部，日军唾手可得。事实上，西港已经无关大局。
西港只是一个弹丸之地，它还有一个名字，叫打狗，这个名字实在是不成体统。乃木希典已经为这个港口想好了一个新名字——高雄。
南方军攻占台南的报告传到大本营，大本营内一片欢腾，那个在日本民众心目中如恶魔一般的周宪章终于死了，台湾战争终于结束了！随即，《朝日新闻》以《明治维新的巨大成就》为题，向日本国民发出新闻号外，宣称日军完成对台湾的全面占领（西港可以忽略不计），台湾继琉球之后，成为大日本帝国神圣不可侵犯的国土，这是明治维新的成果，是日本民众忍辱负重不断进取的成果。
日本军部随即也发出响应，宣称日军在台湾的胜利，是日本近年来强军路线的胜利，是日本军人武士道精神的胜利，日本军队将效忠天皇，为日本的强盛，发挥自己不可替代的作用。